Původní obce byla založena na počátku 13. století rodem Vítkovců. V roce 1220 se zde připomíná Vítek z Klokot. Po něm zdědil tvrz s obcí jeho syn Ojíř z Klokot a Lomnice. Po jeho smrti tvrz z neznámých důvodů zanikla a ves získali páni z Rožmberka. V roce 1402 koupil obec od Rožmberku bohatý táborský měšťan Petr Růže. V roce 1469, po smrti jeho dcery Kateřiny, zdědilo obec město Tábor. V Táboře můžete navštívit bývalý areál benediktinů Klokoty. Jedná se o jedno z nejpůvabnějších poutních míst v České republice, které doplňuje kaple nad pramenem, k níž vede z města křížová cesta z poloviny 19. století. V dobách husitských válek došlo k přerušení tradice poutního místa. Barokní poutní kostel Nanebevzetí Panny Marie byl vysvěcen po rekonstrukci v roce 1756.

Již od konce 19. století usilovali Bechyňští o zavedení železničního Spojení města s Táborem s možností napojení do Týna nad Vltavou a Vodňan. Zásluhou ing. Františka Křižíka byla prosazena elektrifikace této trati. První vůz vyjel na trať dlouhou 24 km dne 1. června roku 1903. Ačkoliv byl provoz na této trati modernizován, i dnes nabízí možnost romantického cestování. Na této trati se příležitostně pořádají historické jízdy Elinkou.
